Научно исследовательские проекты
Научно-исследовательская работа на кафедре системного анализа и компьютерного моделирования факультета радиофизики и компьютерных технологий проводится в соответствии со следующими приоритетными направлениями фундаментальных и прикладных научных исследований:
- биоинформатика;
- моделирование процессов в сложных физических и биомолекулярных системах;
- анализ данных флуоресцентной флуктуационной спектроскопии;
- анализ биомедицинских изображений.
Студенческая работа также преимущественно проводится по данной тематике.
Наиболее значимые достижения по научно-исследовательской и инновационной деятельности кафедры системного анализа и компьютерного моделирования в 2018 г.:
В области фундаментальных научных исследований:
- Разработан статистический подход к предсказанию событий альтернативного сплайсинга в первичных мРНК генов человека. На примерах модельных генов подтверждена работоспособность разработанного подхода и показано, что точность разделения РНК-продуктов составляет 99,5 % для рассмотренных пар модельных негомологичных генов человека. Установлено, что экспериментально подтвержденные, а также предсказываемые транскрипты не формируют отдельных четко разделяющихся кластеров для онкогена RUNX1/RUNX1T1 человека;
- Получено единое аппроксимационное уравнение для вычисления коэффициента диффузии для разных эффективных диаметров молекул сферическойформы в пористых средах Si12, Si19, Si26, SBA-15 и KIT-6 в результате компьютерного моделиро-вания диффузии в их физических реконструкциях;
- Изучено влияние тонкой отражающей пленки на процесс аддитивного производства методом двухфотонной полимеризации в инверсной схеме облучения образца с фоторезистом.
В области прикладных исследований:
- Разработан распараллеленный программный пакет RNAexploreR для предсказания вариантов альтернативного сплайсинга в первичных мРНК химерного онкогена RUNX1/RUNX1T1 человека;
- Исследован процесс физического адсорбирования жидкости на поверхности мезопо-ристой структуры в результате компьютерного моделирования в физической рекон-струкции Si12;
- Разработана методика диагностики биологических соединений с использованием оптических сенсорных матриц резонаторного типа.
Текущие проекты
Устойчивость консенсусного метода независимых компонент для классификации пациентов и предсказания выживаемости
Исполнитель: М.К. Чепелева. Научные руководители: Н.Н. Яцков, П.В. Назаров. Выполнено в сотрудничестве с Luxembourg Institute of Health (LIH), Luxembourg
Подробнее...ORFhunteR
ORFHunteR - веб-сервис, презназначенный для поиска (предсказания) открытых рамкок считывания (ОРС) в геномных последовательностях РНК. Использовать ORFhunteR можно для поиска потенциальных сегментов, кодирующих белок, в новых секвенированных последовательностях РНК.
Подробнее...RNAexploreR
RNAexploreR - это вычислительный инструмент для изучения альтернативного сплайсинга молекул РНК нормальных и мутантных генов человека. Он реализует сравнение транскриптов при анализе альтернативного сплайсинга на основе моделирования графов экзонных генов и эффективных алгоритмов интеллектуального анализа данных. Используйте RNAexploreR, чтобы предсказать весьма возможные альтернативные транскрипты генов человека.
Подробнее...Разработка моделей, алгоритмов и программных средств для исследования процессов регуляции транскрипции у бактерий
Научные руководители: Скакун В.В., Николайчик Е.А.
Подробнее...Разработка моделей, алгоритмов и программных средств для идентификации и аннотации сайтов генетического полиморфизма по данным геномного секвенирования
Научные руководители: Скакун В.В., Гринев В.В.
Подробнее...Разработка программного обеспечения для классификации подтипов и стадий онкологических заболеваний по биомедицинским геномным данным
Грант для студентов и аспирантов БГУ. 2021. Основная задача программного пакета - детектирование рака легких, который широко распространен и отличается особо сложной диагностикой на ранних стадиях, большим количеством видов и высокой гетерогенностью клеток. Руководитель: Демидик Мария. Консультанты: Яцков Николай Николаевич, Nazarov Petr.
Подробнее...Завершенные проекты
Разработка модели и программных средств анализа альтернативного сплайсинга первичных мРНК химерного онкогена RUNX1/RUNX1T1 человека
Научные руководители: Скакун В.В., Гринев В.В.
Подробнее...Разработка методов, моделей и программных средств для анализа многоканальных люминесцентных изображений раковых клеток
Научный руководитель: Скакун В.В.
Подробнее...Преобразование и анализ геномных данных большой размерности с использованием глубоких нейронных сетей
Грант для студентов и аспирантов БГУ. Руководитель: аспирант Волков А.В.
Подробнее...Разработка алгоритмов и программных средств анализа иммуногистохимических изображений раковых клеток
Научный руководитель: Скакун В.В.
Подробнее...Разработка алгоритмов и программных средств глубокого аннотирования транскриптома клеток человека
Научные руководители: Скакун В.В., Гринев В.В.
Подробнее...Грант БГУ 2019 "Разработка программного пакета для диагностики немелкоклеточного рака легких"
Грант для студентов и аспирантов БГУ. 2019. Целью проекта является разработка и внедрение программного пакета для диагностики немелкоклеточного рака легких при анализе геномных данных. Руководитель: Чепелева Марина Кирилловна, Консультанты: Яцков Николай Николаевич, Nazarov Petr.
Подробнее...