Используйте данную ссылку для перехода на сайт RNAexploreR.

Приложение RNAexploreR предоставляет вычислительную программу для анализа и предсказания возможных вариантов генерации РНК на основе графа модели организации гена (тестовые наборы данных доступны от авторов для химерного онкогена RUNX1 / RUNX1T1)

Тестовый набор данных (химерный онкоген RUNX1 / RUNX1T1)

Конвейер анализа данных выполняет пять шагов:

Шаг 1 - PCA

Анализ основных компонентов экзонов. Выбор основных компонент, объясняющих требуемое значение вариации данных (например, -95%).

Пример. Загрузите файл ExonFeatures_ (RUNX1-RUNX1T1 exons) .txt. Используйте параметры по умолчанию.

Этап 2 - экзоны HC

Иерархическая кластеризация экзонов, характеризуемых выбранными составными частями. Разделение экзонов на кластеры и сопоставление каждого кластера с уникальным индексом латинскими буквами (от a до z).

Пример. Выберите расстояние - Минское, а для остальных параметров - значения по умолчанию.

Шаг 3 - РНК 1

Преобразование данных первой сравниваемой РНК транскрипции на метки кластеров, в которых расположены соответствующие экзоны. Удаление дубликатов.

Пример. Загрузите файл RNA1_ (экспериментально проверенные РНК RUNX1-RUNX1T1) .txt.

Шаг 4 - РНК 2

Преобразование данных второй сравниваемой РНК транскрипции на метки кластеров, в которых расположены соответствующие экзоны. Удаление дубликатов.

Пример. Загрузите файл RNA2_ (Предсказанные транскрипты RUNX1-RUNX1T1) .txt.

Шаг 5 - HC РНК

Иерархическая кластеризация пула уникальных транскриптов. Визуализация результатов в виде дендрограммы и формирование списка выбранных РНК.